Jaap Eden hieß eigentlich Jacobus Johannes. Erzogen wurde er vom Vater und seiner Großmutter, da seine Mutter bei seiner Geburt starb. Bereits mit 15 Jahren zeigte sich sein sportliches Talent. Er begann Eislauf zu trainieren. Seine Klasse bewies er 1893 mit 19 Jahren, als er die Meisterschaft der Niederlande überlegen für sich entschied und dabei Weltrekord über 1500m in 2:35 lief. Kurze Zeit darauf wurde er in Amsterdam Weltmeister. Ein Held war geboren. Bei den Weltmeisterschaften in Stockholm 1894 gewann er die 10 Kilometer in der Weltrekordzeit von 19:12:4 und in Hamar bei den Europameisterschaften 2 Wochen später legte er die 5000 Meter in 8:37:6 zurück. 1895 folgten zwei weitere Weltrekorde: 1500 Meter in 2:25:4 und 10 000 Meter in 17:56:0. Sowohl 1895 als auch 1896 konnte er sich erneut Weltmeister nennen.
Neben dem Eisaluf begann er mit dem Radfahren. 1892 trat er dem Harlemer Radfahr-Verein "De Kettinggangers" bei und gewann schon am 30. April 1892 (1893?) sein erstes Rennen. Am 21. Mai besiegte er den damaligen besten holländischen Straßenfahrer Witteween in einem 25 km-Rennen und schlug dabei den holländischen 25 km-Rekord. Er gewann zudem die Meisterschaft der Niederlande. Verschiedene niederländische Rekorde konnte er brechen und fuhr als erster im Straßenrennen Rotterdam-Utrecht-Rotterdam über die Ziellinie. 1894 trat er bei den Weltmeisterschaften in Antwerpen an und gewann den 10 km-Titel. 1895 bekam er den Titel über 2000m.
Ab 1896 wurde Jaap Profi und ging nach Paris. Er verdiente gut. Schnell wurde er ebenbürdiger Gegner von Morin, Jacquelin und Bourillon. Bald bereiste er Radsporteuropa, auch in Deutschland trat er einige Male an. Sein Ausflug 1898 nach Amerika war allerdings nicht von Erfolg gekrönt. In den Jahren danach konnte er nur noch wenig auf sich aufmerksam machen. Es mag an seiner nicht sehr konsequenten Lebensweise gelegen haben. Er hatte gut verdient und lebte davon recht bequem und verschwenderisch. Doch ab 1915 bekam er finanzielle Schwierigkeiten. Mehrere Versuche ein geregeltes Einkommen zu erzielen, schlugen fehl. Mit nur 52 Jahren starb er einsam in Haarlem.
Später wurde die erste niederländische 400m-Kunsteisbahn in Amsterdam-Ost nach Jaap Eden benannt.